万方查重是指通过万方数据库进行文献查重，主要针对学术论文、期刊等文献进行查重比对。其原理是通过文本相似度比对算法，检测文献中的重复部分，帮助学术研究人员发现抄袭行为。而知网查重原理则是基于知网数据库进行查重，同样是针对文献的重复性进行检测。两者的区别在于数据来源不同，万方主要针对学术文献，而知网则更广泛适用于各类文献。

此外，万方查重和知网查重在查重精度、速度和适用范围上也有所不同。万方查重在学术领域有较高的可信度和准确性，适用于学术期刊、学位论文等领域；而知网查重则更注重速度和普适性，适用范围更广，包括新闻报道、商业文档等。因此，选择查重工具时需根据具体需求和领域来进行选择。